Vesistöjen kunnostussuunnitelmat kootaan tiimityönä eri alojen asiantuntijoiden, kuten kala-, pohjaeläin- ja vesikasvibiologien kanssa. Kunnostussuunnitelmien laadintaan sisältyy usein seuraavat vaiheet: ilmavalokuvaus, vesi- ja rantakasvien kartoitus, plankton-, pohjaeläin- ja sedimentaatiotutkimukset, koekalastukset ja veden kemiallisten ja fysikaalisten ominaisuuksien määritykset.